남북한 생태계 복원센터로 육성하기 위해 전체 면적 18만 9141㎡의 부지에 총 31억을 들여 2004년 6월 문을 열었다.
양구생태식물원은 휴전선 인근 남한 최북단의 산 대암산 기슭에 자리한 곳으로 중부 이남지역과 다른 희귀식물들을 관찰 할 수 있다.

특히, 식물원이 있는 대암산에는 우리나라가 람사르협약에 가입하면서 최초로 등록한 습지인 용늪이 있어 식물원의 가치를 더 높여 주고 있다. 양구생태식물원은 149천㎡의 부지에 다양하고 많은 종의 식물들을 보유하고 있으며 우리지역에 자생하는 희귀멸종위기식물의 보전 및 증식을 통하여 생태체험학습장으로 활용되고 있으며 DMZ만의 생태를 간직하고 보존하고 있는 양구군에서는 전문적이고 친자연적인 생태식물원을 개장하여 운영하고 있다.

한국 특산종이자 환경부 보호종인 금강초롱꽃·깽깽이풀·개느삼을 비롯해 산꼬리풀·제비동자꽃·솜다리·금마타리·노랑무늬붓꽃·하늘매발톱·솔체꽃·병조회풀 등 400여 종의 희귀식물이 식재되어 있다. 크게 식물원지구, 천연림지구, 시설집중지구 등 각기 다른 특색의 6개 권역으로 나뉜다. 특히 식물원지구는 비무장지대(DMZ)와 양구 일원에 자생하는 고산식물 및 북방식물 등 희귀식물을 한자리에서 볼 수 있다. 그 밖에 산책로, 약용식물전시장, 양묘장, 전시온실 등이 있고, 정적인 식물원 특유의 단점을 보완하기 위해 계류를 활용해 물소리 등을 들을 수 있는 계류지구·습지지구를 만들어 놓았다.